當今社會人們對食品安全的越關注，就越加重視普通食品飲料質量和食材的衛生度。同時，另一個引起人們關注的是食品盡量避免使用添加劑和防腐劑。進行了某種處理而改變了其微生物正常補充的食品特別容易受環境微生物侵蝕。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生長有時也在食品凈化車間里進行以防止條件性病原孢子生長過度。
    比如在一些大型設施要求100000級（ISO8和9級）以上。在美國，某乳酪公司在愛達荷州杰羅姆建造了一個3600萬美元，面積140000平方英尺的乳酪和乳清產品廠。該廠有4個主要加熱和通風系統可輸送高達每分鐘130000立方英尺的過濾效率為95％的空氣，每小時換氣15到20次。該食品凈化車間采用正壓，空氣從加工區向外流。
    再比如，美國聯邦農業部一項研究表明，美國的即食肉制品差不多有5％都感染了單核細胞增多性李氏菌（Listeriamonocytogenes），一種可以使人致命的食物傳染病菌，可導致敗血癥、腦膜炎或腦膜腦炎（meningo-encephalitis），一種影響大腦和脊髓組織的疾病。對于孕婦來說，李氏菌屬可引起胚胎夭折和死產。即食肉制品市場的擴大是增加對食品凈化車間技術需求的一個因素。
    由此可見，食品凈化車間已成為食品安全生產的的重要把關。