對于食品凈化車間的設計與設施要遠離有害區域，建筑結構要完善，能滿足生產工藝與質量，給排水系統要跟上生產需要，設施要滿足要求。污水的排放要達到國家的標準，加工后產生的廢棄物遠離生產車間，煙道出口和引風機兩者間要設置除塵裝置，管道與管線盡量集中。冷氣管避免在生產線和包裝臺上通過，不讓冷凝水掉入食品中，凈化車間內人員占地面積1.5平方米，車間高度為3米左右。對于食品的生產工序必要時應設置水幕和風幕等設備，車間內要保持良好通風，使用機械通風時換氣量滿足每小時3次左右，機械通風管道距地面2米為宜，并遠離污染源與排風口，開口處應設置防護罩，食品凈化車間內要有充足的自然采光和照明。消毒池壁內側與墻體為45度坡型，淋浴室可分散設置。
    食品凈化車間要設定衛生管理機構，配備經過培訓的專職食品衛生管理人員，建立設備設施維修，做好定期檢測，避免食品污染。同時要制定有效的清洗和消毒方法。各種藥劑的使用種類和范圍要經過衛生監督部門的批準，達標后方可排放，廠區設定的污染收集設施為密封式，要在一定時間內處理，車間內工作人員每年要進行一次體檢。對于食品生產過程中的衛生要求，原材料要檢驗和化驗，合格后才能使用，生產設備和工具要在使用前清洗，消毒檢測設備時，不能污染食品。包裝上的標簽要按照相關規定執行，生產過程中的各項原始記錄要保存好，保存期應較改產品的商品保存期延長6個月為宜。