凈化車間的潔凈度標準和平面布置不同，其潔凈方法也不同。因此，凈化車間的清潔方法要“量體裁衣”。下面的信息與此有關。另外，還可查閱美國環境科學與技術學會的推薦準則IEST--RP--CC018：“凈化車間管理-運行和監測程序”。當設置一般清潔方法時，要考慮下述這些要點：  
    1、如果能夠看到凈化車間內有塵埃，則它就不是凈化車間，所以必須進行清潔。
    2、對凈化車間進行清潔時會產生很多粒子。為使清潔過程產生的污染小，空調系統要全部開動。
    3、裝在桶中的清潔媒介，可用蒸餾水或去離子水或所能得到的潔凈的水加以稀釋。
    4、用于“關鍵”區的清潔介質或消毒劑，應選擇那些對產品危害小，且濃度低但有良好效果的產品。
    5、清潔人員應與生產人員穿戴同一標準的服裝和手套。
    6、清潔工作要進行得比在家里慢，這樣可使粒子的擴散少，保證清潔更有效。
    7、必須向那些清潔房間的人解釋清楚，它們所清除的粒子和微生物是看不見的。即使凈化車間看上去是清潔的，仍需對它進行系統性的清潔。
    8、有使用帶噴嘴的瓶子來噴灑清潔液或消毒劑的，但根據我做的測試，其每噴1次可釋放出的大于等于0.5um的粒子超過100萬個。所以，好是在噴灑液體時用抹布遮住噴嘴。如使用手泵噴灑可能就會好一些。
    9、細菌會在稀釋了的清潔液中生長。所以清潔時要使用從濃縮液新配制的新鮮清潔液，并要使其儲存時間達到少。不應把留有清潔液的容器放置后有頻繁地加滿再用，因為容器中可能會有細菌生長。容器在使用之后應清洗并使之干燥。