無塵室在設計的時候除了要針對火災去做完善的設備和建造準備之外，也要注意排水系統的設置。無塵室內的排水系統目的主要是為了防止管道內的雜物殘留造成細菌和微生物的滋生，所以排水系統的設置必定是很重要的。
    無塵室內的排水管道在原則上是要保持嚴格的密封性，而在布置方式上則應多選擇各類的墻面夾層。給水和引水的管道應以暗鋪的形式通過無塵室的墻壁附件接進。
    雖然由于密封性的要求，排水管道不會出現大的泄漏問題。但對于排除廢水的性質和濃度，還有排水量和水溫等方面的考量，應以各種不同的情況對各種不同的管道進行不同路線的鋪設，且主要的排水管道不應通過對于潔凈度要求較高的無塵室。