理論上來說，潔凈棚也是屬于無塵車間的一種，其結構和建造的原理都是類似的。但除了規格之外，這兩者還有一點存在著一定的差別，那就是壓差的控制。
    相對于潔凈棚來說，無塵車間的壓差較好控制。主要原因在于無塵車間同時存在這送風量、回風量和排風量三種空氣循環通道。只需要送風量大于回風量和排風量，則室內就可以呈現正壓差。而在這種情況下，由于結構不緊密而產生的風量泄漏就可以得到控制。
    但是潔凈棚由于規格原因是不存在回風的，也就是說需要送風量和排風量之間來做加減。但由于建造等因素，潔凈棚是沒有辦法做到如無塵車間那樣的嚴密性的，再加上空間的溫濕度差，潔凈棚的壓差就變得較難控制了。